接过烂摊的宋哲宗，第一时间想到的就是章惇，这个青年皇帝九岁丧父，但对父亲宋神宗的感情，却是刻骨铭心，当年章惇呕心沥血的形象，也被他立刻念起：次年四月，即绍圣元年（1094）四月，章惇高调回京，官居尚书左朴射兼门下侍郎，这是大宋一人之下万人之上的“独相”，也是重任在肩：绍圣！正是要继承宋神宗富国强兵的理想！
八年浮沉，章惇也已成竹在胸，颠沛之中，他亲证了民间寒苦，反思了变法中太多不足，这次正要大展拳脚，当然在这之前，他还要做另一件大事，正如回京路上他对人说的：司马光奸邪，所当急办？要继承变法大业，就要先彻底清算司马光！
说完后，真就这么做了，四月官复原职，五月就翻司马光割地老账，把司马光文彦博范纯仁一干旧党重臣全论罪，参与陷害蔡确的吕大防刘擎等大臣，也尽数被刷掉办罪，之后几年，司马光的谥号赠官全被剥夺，身后十分悲惨！
但如此悲惨，章惇还不满意，接下来又屡兴大案，亲手导演“同文馆狱”，利用文彦博儿子文及甫一封信，追查旧党企图废黜宋哲宗的传闻，又是一通大清扫。就连高宣太后，章惇本也打算不放过，抓住高宣太后生前的亲近太监一顿审，怂恿宋哲宗追废高宣太后，幸亏被向太后阻止，才没闹出孙子废奶奶的闹剧！
如果说当年旧党废新法，闹出的是风暴，章惇几年回敬的，却是惊涛骇浪，先后八百三十多家旧党被涉事清算，这段作为，也成了章惇被论为“奸臣”的最主要原因。
后来好多人说章惇，都对他这段“恶行”大书特书，另一个重要业绩，却是一笔带过：治国！
自从复职以后，比起司马光不问青红皂白的做法，章惇高下立判，过程循序渐进，且绝不是简单重来，青苗法的利息降低，市易法更有严格法规，元符元年（1098），章惇将“常平免役敕令”颁布全国，里面不但包括了新法核心内容，更包括了旧党好些有益国策，甚至他更亲口告诉宋哲宗，旧党的作为，也有好些于国有利处，宰相胸襟，闪耀史册。
章惇就任前，大宋内外交困，没过几年，就是府库钱粮充裕，眼看时机成熟，章惇果断和西夏摊牌，绍圣四年（1097）起祭出浅攻战术，特别是在章惇堂弟章楶主持下，宋军连续取得平夏城大捷和天都山大捷，击溃西夏五十万大军，将西夏都城门户天都山收入囊中，这是自西夏建国后，大宋最扬眉吐气的光辉一胜！
这次胜利，可不止出口气的事，西夏当时吓瘫了，夏崇宗吓得在深宫里哀叹，西夏使者连滚带爬跑来求和，赌咒发誓再不敢挑衅大宋，辽国过来劝个架，更叫章惇当面一顿骂！大宋的邻居们全惊了：大宋，什么时候这么牛气了！
一百多年来，送岁币换和平，前些年还忍气吞声的大宋，现在却是神挡杀神，逮住痛打，真个就这么牛了。而且哪怕这么牛，大宋朝堂高兴的打了鸡血，章惇却再度体现出政治家的担当：为国家财政计，接纳西夏求和，在天都山设立防区，完美掌握战事主动权。
但就在一切看上去无比辉煌时，元符三年（1100）正月，一直信用章惇的宋哲宗英年早逝了！
噩耗发生，谁来即位？向太后选定了宋哲宗的弟弟端王赵佶！一听此人，章惇立刻暴怒，一句“端王轻佻，不可君天下”。二十七年后，不幸应验！
但当时，没阻止赵佶登基的章惇，接下来就被宋徽宗赵佶清算，当年要废高宣太后的旧账也被翻出，从雷州贬到越州，崇宁四年（1105），这位一代政坛强人溘然长逝，享年七十岁。
这位造就北宋盛世的强人，去世四年后恢复名誉，但再以后北宋变了南宋，南宋高宗赵构，也追责了章惇罪状，连子孙也不许入仕，待到南宋灭亡，背了百多年奸臣锅的章惇，也就成了《宋史》里的奸臣。
