自5世纪后半叶起，日本在朝鲜半岛的势力衰退。475年，高句丽南下攻陷百济首都汉城。百济迁都熊津，力求在南部扩大疆界;弥补在北面失去的领土。512年，百济遣使要求大和朝廷割让任那四县。当时的大和朝廷因无力继续统治朝鲜南部地区，不得不答应百济的要求。562年，任那日本府被新罗所灭。这对大和朝廷是个沉重打击，政治上，加深了统治阶级内的矛盾;经济上，失去了朝鲜方面的物质、技术、劳力来源。
皇室在国土统一后，不断霸占地方贵族的领地，扩大自己的屯仓，并将侵略朝鲜的军事负担强加在他们身上，皇室和地方贵族问的矛盾日趋尖锐。九州北部的筑紫国历来是侵略朝鲜的基地，军事负担最重。5世纪末，百济受高句丽进攻时，大和国派筑紫安致臣、马饲臣率水军出征，攻击高句丽。512年，大和朝廷将筑紫国马40匹送给百济。苦于沉重军事负担的筑紫国造盘井于公元527年乘朝廷令近江人毛野臣率6万大军征伐新罗之机，掀起叛乱。盘井占据“火、丰两国(后来的肥前、肥后、丰前、丰后)”，坚持1年3个月的战斗，最后在御井郡被物部鹿鹿火所灭。《日本书纪·安闲纪》记载宁伊甚国造因没有及时交纳珠宝而被问罪，大河内直味张不愿上缴自己的领地，欺骗御使等事实，都反映了皇室和地方贵族间的矛盾。
侵朝战争给人民带来更大灾难，引发了人民的反抗。479年，征伐新罗的军队行至吉备时，500名虾夷族士兵听到雄略天皇死去的消息，举行起义，但被镇压下去。
6世纪中叶以后，部民奴隶制已不适应生产力的发展水平，开始瓦解，部民纷纷逃亡。钦明天皇30年正月诏书写道：“量置田部其来尚矣，年甫十余脱籍免课者众。”部民大量逃亡，严重影响了朝廷的收入。大臣苏我稻目(?一570)为扭转这种局面，派胆津去白猪屯仓，编制田部户籍(注31)。从此以部为单位被奴役的田部，变成以户为单位进行生产和向国家交纳租赋的小生产者。编制田部户籍是一项重大改革措施，所谓“公地公民”制的先行形态由此出现。
6、7世纪群集坟的出现，说明父家长制家庭成长起来。这些家庭财力雄厚，拥有先进的铁制工具。考古发掘证明，有些父家长制家庭离开原来村落，到外地开拓荒地，建立新村。拥有较多土地的父家长制家庭，因依靠家族成员无法耕种全部土地，便把部分土地出租给无地少地的邻近百姓(自由民)和逃来的部民。当时大量存在着贫困的自由民。从古坟遗址来看，群集坟中的坟丘和横穴式石室大小不同，随葬品也有差异。在出现群集坟时同一时期，还存在着仅在山腰和台地斜面挖成的横穴墓。又有很多人既未葬在小型古坟也未葬在横穴之中。(注32)可见这时自由民中的两极分化比较严重，而这种现象却为租佃制的发展提供有利条件。
朝廷内部新旧势力之间的斗争日益加剧。6世纪初，在朝廷中握有实权的大伴氏因主张把任那四县割让给百济而遭到贵族们的攻击，从而失去政治势力，代之而起的是物部氏和苏我氏。物部氏是朝廷掌握军事的名门贵族，早在雄略天皇时期和大伴氏同为大连，参与国政，是维护原有统治方式的守旧势力。苏我氏是葛城氏的支族，从5世纪后半叶起，在朝廷中掌管财政而逐步扩大其势力的。苏我氏与大陆移民有密切的关系。雄略朝(公元456年—公元479年)时期，苏我满智宿弥统辖东汉氏、西文氏、秦氏检校三藏。(注33)钦明朝(公元539年—公元571年)时期苏我稻目任大臣，同物部层舆大连一起辅佐朗政。苏我稻目是接受中国、朝鲜的先进思想和文化的开明政治家。前已提及，他在5691年派胆津去白猪屯仓编制田部户籍，把田部变成独立成户的小生产者。当百济医明王献给日本朝廷佛像和经论时，稻目积极主张祟佛，其目的在于通过崇拜佛教来代替氏神的信仰，以统一全国的思想，加强皇权，而物部尾舆坚决反对。他主张信仰原来的氏神，女以维护氏姓制和部民制。于是稻目和尾舆围绕祟佛与排佛展开激烈斗争。
