历史上的焉耆国和中原王朝也结下了很深的梁子，对于中原王朝焉耆那也算得上是个“狠角儿”。焉耆究竟有多狠呢？汉朝两任西域都护都被焉耆国人给宰了。
公元8年，王莽推翻了西汉建立了新朝，推行了新政。中原一改朝换代，许多之前西汉针对西域的好政策就实施不了了。比如原本臣服的西域诸国国王从王降级成了候，这政策一变，许多西域国家纷纷反叛，其中带头的就是焉耆国。焉耆不仅攻占了西域都护府，还把西域最高长官担钦给杀了。
王莽这才刚建立的国家，对西域掌控力变弱，而且国内一大堆事，也就没时间管他了。但是后来刘秀建立的东汉，又重新拿到了西域的控制权。可惜好景不长，到了东汉明帝驾崩以后，焉耆又趁着汉朝国丧朝政不稳的时候，再次反叛了。而且还是和之前一样，又一次攻占西域都护府，杀死西域都护陈睦。和第一次不同的是，这一次还杀了2000多名汉朝官员。在中国历史上周边小国家敢这么和中原叫板的，除了焉耆估计也没几个了。公元94年，班超携汉军攻入焉耆，焉耆表示归顺。
从这以后，焉耆国一直在被征服和复国之间重复。一直到公元13世纪末期，焉耆宗主国畏兀儿国灭亡，至此焉耆才算真正的灭亡了。
